Sekolah Pascasarjana UMJ memiliki dosen yang minimal bergelar doktor yang memiiki latar belakang dan karakter lintas disiplin, sehingga memungkinkan pemberian respon pada masalah kongkret masyarakat, yang tidak terkotak-kotak pada disiplin ilmu tertentu.

Sekolah Pascasarjana telah cukup mendapat kepercayaan pemerintah, swasta, maupun masyarakat pada umumnya dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi berkualitas. Program Pascasarjana telah memiliki fasilitas yang memadai untuk memenuhi kegiatan-kegiatan akademik dan non-akademik. Sekolah Pascasarjana UMJ juga memiliki jaringan kelembagaan yang cukup kuat dengan beragam lembaga maupun alumninya di tingkat nasional (pemerintahan) dan internasional.

Penyelenggaran dan pengelolaan Sekolah Pascasarjana UMJ dijelaskan pada Peraturan Rektor nomor 23 tahun 2022.

Berdasarkan Surat Keputusan Rektor nomor 75 Tahun 2022 ditetapkan Program Studi yang berada di bawah naungan Sekolah Pascasarjana adalah sebagai berikut.

Program Doktoral

1. Manajemen Pendidikan Islam (S3)
   Akreditasi   : Unggul
   SK               : 7051/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/X/2022

Program Magister

1. Teknologi Pendidikan
   Akreditasi   : Baik Sekali
   SK               : 321/SK/LAMDIK/Ak/M/III/2023