Secara khusus, sejarah Fakultas Kedokteran dan Kesehatan (FKK) dimulai pada tahun 1996, bernama Fakultas Kesehatan Masyarakat yang memiliki satu program studi. Pada tahun 1998, berdasarkan pertimbangan Ketua Muhammadiyah tentang Peraturan Perguruan Tinggi, Diploma Keperawatan bergabung dengan FKK karena perluasan program studi lain selain kesehatan masyarakat. Pada tahun 2001, nama fakultas berubah menjadi Fakultas Ilmu Kesehatan, yang diikuti dengan dibukanya program studi baru yaitu Program Studi Keperawatan. Tahun 2001, berawal dari semangat Prof. Dr. Muhammadi selaku Rektor UMJ periode 1998-2002, dibentuklah tim yang luar biasa sebagai panitia pencalonan Prodi Kedokteran. Tim ini terdiri dari beberapa praktisi, dosen profesional, dan staf berpengetahuan dari Program Studi Kesehatan Masyarakat. Setelah 3 tahun melalui proses yang luar biasa, Program Studi Kedokteran terbentuk pada bulan September 2003, disetujui oleh Menteri Pendidikan Tinggi Republik Indonesia.
Fakultas Ilmu Kesehatan akhirnya berganti nama menjadi Fakultas Kedokteran dan Kesehatan. Berlanjut hingga tahun 2007, Fakultas Kedokteran dan Kesehatan memiliki empat program studi. Mereka adalah Program Studi Kedokteran, Program Studi Kebidanan, Prodi Gizi, dan Program Studi Profesi Dokter. Pada akhir tahun 2007, berdasarkan ketetapan Direksi Rumah Sakit Islam Jakarta Cempaka Putih, sebagai tujuan pengembangan Program Studi Diploma Kebidanan, penyelenggaraan penelitian ini diserahkan kepada Fakultas Kedokteran dan Kesehatan. Akhirnya jumlah program studi di fakultas ini ditambah menjadi lima program studi.
Selama bulan April 2013, Program Studi Ilmu Kebidanan berkembang menjadi Fakultas Keperawatan sesuai dengan Statuta Rektor Universitas Muhammadiyah Jakarta, nomor : 194 tahun 2013. Tujuan utama reformasi ini adalah untuk memenuhi kebutuhan sosial dan masyarakat. Selain itu, tuntutan akan tenaga profesional di bidang pembibitan semakin meningkat. Apalagi, pada tahun 2014 ini, sesuai dengan Statuta Rektor, Pasca Sarjana Kesehatan Masyarakat diserahkan ke Fakultas Kedokteran dan Kesehatan karena kesamaan ilmu. Sebagai tujuan untuk memajukan pengetahuan serta keterampilan di bidang kesehatan masyarakat. Oleh karena itu, pada pertengahan tahun ini hingga saat ini, Fakultas Kedokteran dan Kesehatan memiliki empat program studi.
Kegiatan kuliah utama kedokteran dan kesehatan masyarakat yang bersangkutan di kampus “A” yang beralamat di Jl. KH. Ahmad Dahlan, Cirendeu-Ciputat. Sedangkan kegiatan akademik kebidanan dipusatkan di kampus “B” yang beralamat di Jl. Cempaka Putih tengah I/I, Jakarta Pusat. Apalagi Prodi Kedokteran juga memiliki kampus lain di Cempaka Putih untuk memenuhi kebutuhan di wilayah Jakarta.
Program Studi pada Fakultas Kedokteran dan Kesehatan sebagai berikut.
Program Sarjana:
- Kedokteran
Akreditasi : B
SK : 0653/LAM PT-Kes/Akr/Sar/XI/2019 - Kebidanan
Akreditasi : C
SK : 0257/LAM-PTKes/Akr/Sar/XI/2020 - Gizi
Akreditasi : B
SK : 0491/LAM-PTKes/Akr/Sar/XI/2020
Program Profesi:
- Profesi Dokter
Akreditasi :B
SK : 0654/SLAM PT-Kes/Akr/Pro/XI/2019 - Profesi Bidan
Akreditasi : C
SK : ‘0258/LAM-PTKes/Akr/Pro/XI/2020
