Sekolah Pascasarjana (SPs-UMJ) yang secara resmi berdiri pada tahun 2010/211 sesuai dengan Statuta Universitas Muhammadiyah Jakarta Tahun 2010. Lahirnya Sekolah Pascasarjana UMJ pada tahun 2010/2011 sejalan dengan penggunaan gedung baru yang pengadaannya berasal dari hibah institusi Kementerian Pendidikan Nasional pada tahun anggaran 2009.

Sekolah Pascasarjana awalnya menaungi semua program studi S2 dan S3 di Universitas Muhammadiyah Jakarta. Penyelenggaran dan pengelolaan Sekolah Pascasarjana UMJ lahir kembali berdasarkan pada Peraturan Rektor nomor 23 tahun 2022, selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Rektor nomor 75 Tahun 2022 ditetapkan Program Studi yang berada di bawah naungan Sekolah Pascasarjana (SPS) adalah sebagai berikut; Program Doktoral; Manajemen Pendidikan Islam (S3) dan Program Magister; Magister Teknologi Pendidikan.

Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan Islam didirikan (MPI) pada tahun 2015 melalui dengan Surat Keputusan Dirjen 7163 Tahun 2014 tanggal 16 Desember 2014. Saat ini berstatus terakreditasi unggul berdasarkan Surat Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK), Nomor: 413/Sk/Lamdik/Ak/D/X/2022, tentang Peringkat Akreditasi Program Studi Manajemen Pendidikan Islam pada Program Doktor Universitas Muhammadiyah Jakarta, Kota Tangerang Selatan, tertanggal 24 Oktober 2022.

Adapun Program Studi Magister Teknologi Pendidikan didirikan berdasarkan surat Keputusan Kemenristekdikti No. 2/kpt/i/2017 Tanggal 3 Januari 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Magister (S2) Teknologi Pendidikan Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ). Saat ini berstatus Akreditasi Baik Sekali berdasarkan Surat Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK), Nomor 321/SK/LAMDIK/Ak/M/III/2023, tentang Peringkat Akreditasi Program Studi Teknologi Pendidikan pada Program Magister Teknologi Pendidikan Universitas Muhammadiyah Jakarta, Kota Tangerang Selatan, tertanggal 07 Maret 2023

Sekolah Pascasarjana mempunyai dua program studi sebagai berikut.

Program Doktor:

1. Manajemen Pendidikan Islam
   Akreditasi : Unggul
   SK              : No: 413/SK/LAMDIK/Ak/D/X/2022

Program Magister:

1. Teknologi Pendidikan
   Akreditasi : Baik Sekali
   SK              : No. 321/SK/LAMDIK/Ak/M/III/2023