Fakultas Agama Islam Universitas Muhammdiyah Jakarta (FAI UMJ) semula terdiri dari penggabungan tiga Fakultas, yaitu tarbiyah, Ushuludin dan Syariah. Fakultas Tarbiyah didirikan pada tahun 1962, Memiliki satu jurusan yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI) berlamat di jalan Kramat Raya Nomor 49 Jakarta pusat. Fakultas ini Memperoleh Status diakui untuk tingkat sarjana Muda dari pemerintah Republik Indonesia melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 55 tahun 1966. Selanjutnya, pada tahun 1985 perkuliahan tingkat doktoral memperoleh status terdaftar melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 73 tahun 1985. Sejak tahun akademik 1985/1986, Fakultas Tarbiyah telah menjalankan program Strata Satu (S.1) dan pada tahun 1991 memperoleh Status disamakan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 19 tahun 1991. Pada tahun 1992 perkuliahan diselenggarakan dikampus induk Muhammadiyah Jakarta di Cireundeu, Ciputat.

Fakultas Agama Islam UMJ saat ini memiliki tujuh program studi sebagai berikut.

Program Magister:

1. Magister Studi Islam
   Akreditasi : Unggul
   SK               : 3289/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/VIII/2023

Program Sarjana:

Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
Akreditasi : B
SK               : 181/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/I/2021

Pendidikan Agama Islam
Akreditasi : B
SK               : 5421/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/IX/2020

Hukum Keluarga Islam
Akreditasi : Baik
SK               : 4720/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/VIII/2020

Manajemen Zakat dan Wakaf
Akreditasi : B
SK               : 2265/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2019

Komunikasi dan Penyiaran Islam
Akreditasi : B
SK               : 6984/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/XI/2020

Manajemen Perbankan Syariah
Akreditasi : Unggul
SK               : 1799/BAN-PT/Ak.PNB/S/III/2022